反黑组警长肥沙（林雪 饰），不慎丢失手枪。这件事非同小可，如果手枪被匪徒用去行凶，肥沙将大祸临头。PTU（警察机动部队）警官何文展（任达华 饰）出于义气，答应一定会在天亮之前寻回手枪，带几名手下开展了寻枪行动。另一方面，却在横生枝节：警员Kat（邵美琪 饰）死守纪律，坚持要将此事汇报上级处理；而在同一晚，CID的Madam张（黄卓玲 饰）在接手一单黑社会谋杀案时，怀疑肥沙与黑社会有染，由此与PTU发生意见分歧。人与人，部门与部门之间的矛盾、争斗和角力，在夜幕中徐徐拉开。而第二天清早，揭晓的真相，原来都在他们的意料之外……
《机动部队PTU》将故事浓缩在一个夜晚，围绕反黑组警长肥沙丢枪展开。警官何文展出于义气，带领手下踏上寻枪之旅，却状况频出。警员Kat坚持汇报上级，CID的Madam张因黑社会谋杀案怀疑肥沙，与PTU产生分歧，矛盾冲突不断。
任达华饰演的何文展把角色刻画得入木三分。他重情重义，为帮肥沙寻枪，不顾规则，在复杂的警界环境中艰难周旋，任达华通过细微的表情变化和沉稳的动作，将角色内心的纠结与坚定展现得淋漓尽致。林雪扮演的肥沙，把一个闯祸后惊慌失措又心怀侥幸的小警察演绎得十分生动，他的表演自然真实，让观众能真切感受到角色的恐惧与无奈。邵美琪饰演的Kat坚守纪律，她与何文展的观念碰撞，为影片增添了不少张力，其干练的形象和坚定的眼神，展现出职业女性在男性主导的警界中的独特魅力。
叙事上，多条线索并行且巧妙交织。寻枪主线与各方矛盾副线相互穿插，情节紧凑，毫无拖沓之感。随着时间推移，事件不断升级，悬念层层叠加，吸引着观众沉浸其中。结尾真相揭晓，既出人意料又在情理之中，给观众带来恍然大悟的惊喜，让人回味无穷。
影片主题深刻，不仅展现了警匪之间的对抗，更深入探讨了人性、情义与规则的矛盾。何文展为了兄弟情义违背规则，而Kat代表的规则至上与之形成鲜明对比，反映出现实中人们在情与法之间的挣扎。同时，影片通过对香港街头场景的描绘，如中国冰室、广东道等，呈现出浓郁的本土文化氛围，让观众感受到独特的港式风情，使整个故事更具真实感和代入感。